13世纪初至16世纪中叶传统蒙医学形成时期。

元朝的统一结束了我国唐末以来的长期割据状态，而且把漠北地区和内地更加紧密地联系在一起了。这在客观上促进了中医学与传统蒙医学的交流和借鉴，同时，为传统蒙医学的形成和发展提供了历史舞台。此期，传统蒙医学在饮食疗法、急救法、传染病的预防与治疗、药物疗法及各种外治法(如瑟布斯疗法、按摩、针灸、药浴等)都有了进一步的发展。“由于长期战争，特别是蒙古族崇尚骑射，因金疮与跌打损伤救助的需要，促进了外伤科的发展。”并且，在长期实践基础上产生了初步的医学理论。这些理论包括:寒热理沦；滋补理论；以震治震理论；初步的解剖、药物及急救知识；初步的哲学观作为指导等。

中医学与蒙医学的交流空前活跃。据《长春真人西游记》记载，成吉思汗仰慕道家养生，特召见中原全真道教领袖长春真人丘处机。七十余岁高龄的长春真人万里赴约，花费3年时间长途跋涉，到撒马尔干(今乌兹别克斯坦境内)附近会合。两人当面谈论道家之养生之法。据《元史》记载，1226年在蒙古军中发生传染性疾病，精通中原文化的耶律楚材应用中药大黄治疗，这是蒙古族使用中药的较早记载。

在蒙汉民族往来的漫长历史进程中，不少北方民族医家致力于学习和研究汉医，有些汉医著作被传播到蒙古地区，对传统蒙医学产生了一定影响。《饮膳正要》、《瑞竹堂经验方》、《金兰循经》是这一时期出现的蒙汉医学合璧之杰作。其中相当篇幅论述了蒙古族传统医药及其北方游牧民族医药知识。《饮膳正要》成书于1330年，为元代饮膳太医忽思慧所著，是我国现存第一部营养学专著。书中收录了大量蒙古族传统饮食，并作了理论阐释。《金兰循经》为蒙古族学者忽泰必烈所著，是一部讲授针灸和经络的著作，为元代医学家滑寿《十四经发挥》的底本，“十四经”之名起始于此。高武《针灸聚英》载:“《金兰循经》，元翰林学士忽泰必烈所著，其子光济拴次。大德癸卯(1303)，平江郡岩陵邵文龙为之序。首绘脏腑前后二图，中述手足三阴，三阳走属，继取十四经络流注，各为注释，列图于后，传于北方。自恒山董氏浸梓吴们，传者始广。自滑氏注十四经发挥，而人始嫌其简略矣。”该书对中医针灸学在蒙古地区的传播起到重要作用。《瑞竹堂经验方》为元代蒙古族医学家沙图穆苏撰著，成书于1323年。书中所列方剂有明显的北方游牧民族特色，如治骨伤及风寒湿痹的方数量大，且剂型多为携带方便的散、丸、膏、丹，而汤剂则少，用药多峻利，是“由北人气禀壮实，与南人异治故也。”

这个时期，蒙医的社会地位也有了明显的变化。如在元朝以前，成吉思汗规定的“扎撒黑”（治理法典）中明确规定“免除医生的税赋”［5］的条目，鼓励发展医学。在1206年前后，蒙古军里有军医，专门负责战伤外科。由此可见，当时的蒙医队伍，不但在数量方面增多了，而且社会地位也提高了。