侗族古代文化包括医药在内，大部分是掌握在佼解庚佬和佼解贺佬（意为本寨受尊敬的人和本寨的头领）及冲傩手中。他们有许多侗族古歌和巫祝词语，其中有些是讲述侗族医药的，侗医的学术思想渊源于巫师及巫医歌词之中。

天、地、气、水、人五位一体的思想，是侗医学术思想的核心。侗歌“古闷冬庚系韭梭，得地长庚系冷垠”，“索冷拱晕庚畏病，庚对董梭转变冷”，意为“天上生人是股气，地下养人是水和土”，“气多气少人遭病，人死断气精化水”。侗医和冲傩认为，天是看不见顶的庞然大物，是股气，地是有形之物，即土和水；人是气所生的，由土和水所养。这就是侗家的“天人，’和“地人”之说。在《人类起源》侗歌中的四个“奶奶”以及他们所生的松恩、松桑就是“天人”的代表；，洪水滔天，人烟绝迹；，十二兄妹只好婚配，便是“地人”的化身。人的起源与五位一体的思想，是侗族先民们通过长期观察，对人的起源与自然界的关系产生的基本概念。

在生理功能方面，侗歌有“庚寥凡间呃瞑久，全靠枚索和枚冷”，意为“人的生存没多久，依靠有气和有水”，说明气和水在维持人体功能活动方面的重要性。在临床治疗上，侗医非常重视气和水的作用，常常使用补气、补水方法。在用药上，凡是块根及甜味药物，都作补水、补血之用。侗医对血和水的认识是同意词，血和水在体内是同一物，统称“血水”。

在病理方面，侗歌“索冷拱晕庚畏病，庚对董梭转变冷”，意为“气多气少人生病，人死断气精化水”。侗医认为气和水两者失去平衡，人就要生病；气和水由量变到质变，是疾病的病理过程。

对致病因素的认识。侗歌“呃偻叽构呃病，佟病都系逗亮，闷敦、漾冷、淋霖、抖仑，优喉、瘟、蜥、猛、历、娘、毒蕾、判妞、斗奈相害庚”，意为“谁吃粮会不生病，生病都是着凉、天热、湿水、淋雨、受风、饱饿、发瘟、蛇、虎、虫、草、鬼、山神这些降给人的”。这些认识虽然是从感性的形象思维出发，但其概念还是明确的。

侗医认为饮食是维持生命的能量泉源，但是如果饮食过多，不加以节制，或者吃的过少，都将影响身体健康，甚至造成疾病。侗医有“犯酒、犯肉、犯谷、犯气”之说：酒性热除寒，饮用适度可调人体血脉情志，如果用量过多可伤神伤志，“心神受扰，百病丛生”；肉类补血补体，食用过多反而伤血伤水；谷类养万物，亦不可过饱，过饱伤身；气：是生命的根本，不可“犯气”，不犯气指两个方面：一是平时要保持“心平气和”，为人善良，遇事不可性急；二是不可忧郁寡言，伤心伤神。“气与神”是相互联结的，伤一不可。

对于药物的性味，侗医认为“药苦能退热，药涩能止泻，药香能清肿止痛，关节痛要用药叶为生”。

侗药有六性六味理论，给侗医临床用药提供了理论基础及用药依据。用药先要掌握六性六味，再根据疾病的临床表现确定用药。如冷病用热药，热病用冷药，用药才能对症，否则不但治不好病，甚至会出现不良后果。

六味为酸涩、苦、辣、香、淡、甜。六味是通过人的味觉识别出来的。

六性为热、凉、收、散、退、补。六性是通过临床用药逐步体现出来的，其中有的可能是学习中药的先进经验而产生的。

六味与六性具有药物内在的对应关系。味苦，性凉，退热；味辣，性热，除寒；味香，性散，消肿止痛；味淡，性退、性平，退水、退气、止血；味甜，性补，补血、补气；味酸涩，性收，提升、止泻。

对于疾病的命名与分类，侗医根据“五位一体”思想，把疾病分为冷病与热病两大类。五位中的天、地、气、水和人都有冷和热，人的疾病也不外乎冷病与热病。

热病：又名烧热病。包括发烧、火毒、红肿、癫狂、虫、蛇、草所致的热病，各种外伤，会“过人”（传染）的疾病，以及大部分痧症等。

冷病：包括病人自觉冷感或病程长，体质虚弱或不红不肿的疮疱等等。冷病又分水病、气病、虚弱病。水病：身体任何部位的浮肿，统称水病，又叫水湿病。气病：凡是咽喉部位的病症出现喘、出气（呼吸）不匀，或劳动时感到气不够用，以及情绪不好，沉默寡言等称“气病”。如果是接触有毒物质，如生漆、粪毒、毒蛇咬伤或误食有毒菌类等，统称毒气病。

冷病与热病具有较高的临床实用价值。由于病因不同，病人体质各异，其发生、发展、转归等都有着不同的规律，在治疗原则上就迥然不同、差异极大。如冷病用热药，热病用冷药，就不能违反这个规律。

侗医关于疾病的命名，除受五位一体的学术思想影响，还根据疾病性质、病变部位，沿用取类比象进行命名。如男性血尿名妇男摆红症；男性淋浊名妇男摆白症；男性体衰性功能低下；继发性性功能不全称妇男月家病；在病名前冠以“妇”字，说明这种病名的产生至迟是在母系时代。另外，有些病名是以患病部位或相似症状采用取类比象命名，如胸以上出血性疾病名曰“吓谬恰（意为野鸡症，与野鸡沿上坡的路行走时，其红色羽毛由一点红一片之意），汉语直译为上路野鸡症；胸以下的出血性疾病，名曰吓谬吕（下路野鸡症）；又如独累侣类（产科胎儿脚先露，意为猴子症·猴子下树）。

侗医的病证涉及广泛，但侗医并不分科，而是设有独立的“大证”，在“大证”之下又分若干个小症，侗医的诊疗方法也是独具特色的。